Photoshop - уже давно признанная программа для эдита манги. Конечно, вам никто не мешает использовать другие программы, но учтите, что уроки, документация и, что еще более важно, это бесценное руководство (^_^) будут полезны лишь если вы используете Photoshop.

Желательно использовать более новые версии, начиная с серии CS. CS2 и СS3 самые распространенные. CS4 хотя в начале и был нестабилен, но уже избавился от этого недостатка. Но, по сути, разницу между ними вы заметите только в интерфейсе. Основная масса уроков написана под CS3, более новые будут писаться под CS4 и CS5.

Устанавливать желательно "нормальную" (без всяких примочек и изменений в инсталяторе) версию Photoshop’a , также желательно использовать не кряк, заменяющий файлы в программе, а серийные номера, например, созданные в генераторах ключей. Не пользуйтесь русификаторами, если нужен русский язык, то лучше использовать русскую версию Photoshop’а, или установить другой язык уже поверх старого (тогда он добавится в меню, и можно переключаться между разными языками в любой момент). Иначе могут не работать некоторые функции или программа может работать нестабильно. Можно ещё сказать, что официальный русский перевод традиционно корявый и занимает гораздо больше места в интерфейсе программы.

Если у вас безлимитный интернет, тогда скачать любую версию не такая уж и проблема. Я рекомендую использовать последнею версию (на данный момент это CS5).